不少人認為手機通訊軟件 Telegram 比 WhatsApp 更安全，但現在 WhatsApp 亦作出改善，耗時一年半終於加入完整的端對端（End-to-end）加密，除了文字訊息亦涵蓋語音通話、影片等，不過要確保通訊加密，雙方都需要更新 WhatsApp 才可。
所謂端對端加密，即是通訊的明文不會在 WhatsApp 的伺服器上儲存，公司由於沒有加密金鑰也不能把訊息解密，因此即使是政府要求，WhatsApp 也無法交出通訊資料。
WhatsApp 至 2014 年 11 月與 Open Whisper Systems 合作，為文字訊息加密，但現在 WhatsApp 已全面為聊天、群組聊天、附件、錄音和語音通話加密，覆蓋 Android、 iPhone、Windows Phone、Nokia S40、Nokia S60、Blackberry、BB10。然而這不代表由現在起訊息便會加密，因為這需要所有人使用最新版的 WhatsApp 才可。
舊版的 WhatsApp 文字訊息雖然有加密，但伺服器會基於情況決定連線有否加密，因此用戶無法確認通訊是否受到保障，不過更新後，WhatsApp 會通知用戶連線已加密。
Source : The Verge, TechCrunch